| Summary: | El análisis de la relación filogenética de diferentes aislamientos del VIH-1 constituye una importante herramienta en el estudio y seguimiento de la pandemia. Los análisis de secuencias pueden ser usados para evaluar cadenas de transmisión. Aunque algunas cadenas de transmisión de tamaño relativamente limitado, han sido identificadas en pequeñas cohortes mediante una búsqueda de contactos y confirmadas por análisis filogenético, la consistencia entre la supuesta relación epidemiológica y la relación filogenética, no ha sido investigada hasta la fecha en grandes cohortes. La epidemia cubana ofrece una oportunidad única en este sentido. Se examinaron retrospectivamente muestras de suero y plasma de pacientes cubanos seropositivos al VIH-1 de dos cadenas de transmisión establecidas mediante búsqueda de contactos (38 y 90 individuos, respectivamente). Se amplificaron regiones de los genes gag y env de VIH-1, a partir de las muestras conservadas en congelación, mediante RT-RCP y se determinó la secuencia de cada producto amplificado. Se encontró que las secuencias nucleotídicas de una de las cadenas de transmisión se agrupaban consistentemente con la relación epidemiológica reportada. En la otra cadena se detectó la presencia de múltiples subtipos y recombinantes de VIH-1. Los grandes lapsos de tiempo entre el momento de la transmisión y el momento de la toma de la muestra utilizada para la secuenciación, la superinfección y la información epidemiológica incompleta son factores que pueden limitar la concordancia entre la reconstrucción filogenética y la relación epidemiológica reportada.
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